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    微生物多樣性測(cè)序

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    項(xiàng)目介紹

    一、細(xì)菌的 16S rDNA 序列在不同的物種間是高度保守的,不同的物種間序列是不一樣的,因而對(duì)此序列通過PCR 擴(kuò)增、測(cè)序,與 GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對(duì)后,則可判定細(xì)菌種類,將其劃分到屬或種。16srDNA (16SrRNA 為核糖體的 RNA 的一個(gè)亞基,16srDNA 就是編碼該亞基的基因)鑒定是指用利用細(xì)菌 16srDNA 序列測(cè)序的方法對(duì)細(xì)菌進(jìn)行種屬鑒定。16srDNA 是細(xì)菌染色體上編碼 16srRNA 相對(duì)應(yīng)的 DNA 序列,存在于所有細(xì)菌染色體基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物,它是構(gòu)成核糖體的重要成分,核糖體由許多小的 rRNA 分子組裝而成,16S rRNA 是其中一個(gè)組件,一般所分析的對(duì)象都是 16s rDNA,因?yàn)?DNA 提取容易,也比較穩(wěn)定。


    二、真菌的 ITS 序列在不同的物種間是高度保守的,不同的物種間序列是不一樣的,因而對(duì)此序列通過擴(kuò)增、測(cè)序,與GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對(duì)后,則可判定真菌種類,將其劃分到屬或種。

    真菌鑒定 4 種基因標(biāo)記:

    1、ITS:內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(internal transcribed spacer of RNA Pol1),rRNA經(jīng)翻譯后修飾移除部分,共兩個(gè)間隔區(qū),包括5.8S 基因;

    2、LSU:28S 核糖體大亞基(28S nuclear ribosomal large subunit rRNA);

    3、SSU:18S 核糖體小亞基 (18S nuclear ribosomal small subunit rRNA);

    4、RPB1:RNA 聚合酶 2 最大亞基(the largest subunit of RNA polymerase II),單拷貝,遺傳趨異慢。

    內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū) ITS 由于不需要加入成熟核糖體,因此在進(jìn)化過程中能夠承受更多的變異,屬于中度保守的區(qū)域,其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對(duì)一致,種間差異比較明顯。這種特點(diǎn)使 ITS 適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內(nèi)物種間或種內(nèi)差異較明顯的菌群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。


    三、微生物多樣性測(cè)序(又稱擴(kuò)增子測(cè)序)是利用二代測(cè)序平臺(tái),對(duì)16S rDNA /ITS 功能基因等特定區(qū)段 PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,突破傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點(diǎn),獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。

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    樣品要求

    1.送檢的菌種樣品必須確保無致病性,并在無致病性欄中填寫無;有致病性的樣品我們只接受基因組DNA,樣品有致病性,導(dǎo)致污染和擴(kuò)散,由提供方承擔(dān)相應(yīng)后果;

    2.若樣品為基因組DNA,DNA濃度>20ng/ul,體積大于20ul;如果是菌種,請(qǐng)送培養(yǎng)好的菌;

    3.菌種不純會(huì)導(dǎo)致測(cè)序出現(xiàn)套峰,因此得不到鑒定結(jié)果,如遇這種情況,正常收費(fèi);

    4.對(duì)于鑒定的菌株,我們不做備份及保留,請(qǐng)送檢之前做好保種工作,如有疑問請(qǐng)?jiān)谑盏浇Y(jié)果7個(gè)工作日內(nèi)聯(lián)系我們,過期我們會(huì)銷毀樣品,不予處理;

    5.如樣品原因擴(kuò)增不成功導(dǎo)致鑒定失敗,會(huì)取消該樣品的項(xiàng)目服務(wù);若因用戶提供的樣品與需要鑒定的類型不符,導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗,委托人需支付全部項(xiàng)目費(fèi)用;

    6.樣本處理時(shí),需避免污染,且需要干冰寄送的樣本,請(qǐng)?zhí)崆白孕袦?zhǔn)備干冰。

    項(xiàng)目案例

    Alpha多樣性指數(shù)差異箱形圖

    PCoA分析

    NMDS分析

    微生物多樣性測(cè)序

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