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ASE原子模擬環(huán)境計算程序安裝教程
來源: 時間:2022-12-16 16:20:13 瀏覽:5829次



安裝要求

基本要求

* Python 3.6或更新版本

* NumPy (基礎(chǔ) N-dimensional array 包)

* SciPy (科學(xué)計算庫)

可選并強烈推薦安裝

  • Matplotlib (繪圖)  

  • tkinter (for ase.gui-ASE圖形界面所需的庫,CentOS系統(tǒng)自帶的python默認編譯是沒有tkinter的,需要重新編譯python)

可選安裝

  • Flask (用于ase.db網(wǎng)頁界面所需)  

  • pytest  (用于測試)  

  • pytest-mock  (用于更全面的測試)  

  • pytest-xdist  (用于并行運行測試)  

  • spglib  (用于某些與對稱相關(guān)的特征)




使用系統(tǒng)軟件包管理器安裝

Linux

ASE支持主要的GNU/Linux發(fā)行版(包括Debian、Ubuntu、Arch、Fedora、Red Hat和CentOS),并有對應(yīng)的一個python-ase包,可以在你的系統(tǒng)上安裝它。系統(tǒng)會自動管理依賴關(guān)系,并使ASE對所有用戶可用。

注意:不同的Linux發(fā)行版,對應(yīng)的ASE包版本不一定是最新的。

Max OSX(Homebrew)

Mac OSX中包含的舊版本Python與ASE不兼容,并且不包括pip包管理器。在下一節(jié)中介紹的使用pip安裝ASE之前,Mac用戶需要安裝適當?shù)腜ython版本。一種選擇是使用Homebrew包管理器,它提供了Python 3的最新版本,包括pip和tkinter圖形界面綁定:


$ brew install python

使用pip安裝1

建議使用anaconda的python,方便安裝和版本管理。安裝ASE最簡單的方法是使用pip,它會自動從PyPI獲取源代碼:

$ pip install --upgrade --user ase

如果要運行測試,可使用:

$ pip install --upgrade --user ase[test]

Python會將ASE安裝到可以自動找到ASE的本地文件夾中。ASE的命令行工具將安裝在以下位置:

操作系統(tǒng)路徑
Unix and Mac OS X~/.local/bin
Homebrew~/Library/Python/X.Y/bin
Windows%APPDATA%/Python/Scripts

請參考環(huán)境變量章節(jié),正確設(shè)置環(huán)境變量。 在使用ASE前,參考ASE的安裝測試環(huán)節(jié),進行測試。 注意: 如果你的系統(tǒng)中,沒有安裝numpy,scipy和matplotlib模塊,請參考下面命令安裝:

$ pip install --upgrade --user numpy scipy matplotlib

如果在安裝過程中出現(xiàn)Cannot uninstall 'pyparsing'

pip install -I pyparsing

即可解決




從源碼安裝

作為pip方式安裝的替代方案,您還可以下載源代碼.tar文件或Git方式獲取源碼。

tar文件

你可以下載最新版ase-3.22.1.tar.gz或者開發(fā)測試版ase-3.23.0b1.tar.gz。其它版本,可參考ASE官網(wǎng)列表解壓:

$ tar -xf ase-3.17.0.tar.gz

Git clone

或者,你也可以使用git clone命令可以從https://gitlab.com/ase/ase獲取指定版本的源碼:

$ git clone -b 3.22.1 https://gitlab.com/ase/ase.git

或者安裝開發(fā)版

$ git clone https://gitlab.com/ase/ase.git

pip

使用pip命令從ase的git主目錄安裝

$ pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master

--upgrade參數(shù)可以確保您總是重新安裝,即使版本號沒有更改。

添加用戶環(huán)境變量即可使用,具體請參考環(huán)境變量章節(jié)當然也可以在源碼目錄下,執(zhí)行python setup.py install --user命令進行安裝,然后再添加環(huán)境變量。




環(huán)境變量

ASE需要定義兩個環(huán)境變量:

$PATH:

定義ase可執(zhí)行文件路徑

$PYTHONPATH:

定義python模塊路徑

在用戶主目錄下的.bashrc文件中,添加如下

$ export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH

$ export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

或者在用戶主目錄下的.cshrc文件中,添加如下:

$ setenv PYTHONPATH <path-to-ase-package>:${PYTHONPATH}

$ setenv PATH <path-to-ase-command-line-tools>:${PATH}




運行測試

運行測試前,請確保環(huán)境變量已經(jīng)正確設(shè)置

測試命令:

ase tes


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12條評論
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全部 3小時前 四川
文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具?,F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
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